Glavni cilj programa Marco Polo II je smanjenje opterećenja cestovnog prometa i smanjenje njegova negativnog učinka na okoliš kroz usmjeravanje prometa sa cesta na priobalnu plovidbu, željeznicu i unutarnju plovidbu.
Sudjelovanje u programu podrazumijeva prijavu projektnih prijedloga sukladno zadanoj proceduri izrade projektne dokumentacije, s time da se Pozivi na dostavu projektnih prijedloga objavljuju jednom godišnje. Ostvarenje mogućnosti punopravnog sudjelovanja države u programu objavljuje se na web straniciGlavne uprave za promet i energiju (DG TREN) čime se ostalim državama sudionicama daje na znanje informacija o dodatnom potencijalnom partneru u projektima.
Program podupire projekte na međunarodnim prometnim dionicama, što znači da projekte mogu prijavljivati konzorciji sastavljeni od najmanje dva ili više subjekta, osnovana u najmanje dvije različite države članice ili jedne države članice i jedne bliske treće zemlje.
Program podržava pet vrste aktivnosti:
a) aktivnosti izmjene modaliteta transporta (modal shift actions) podrazumijeva svaku aktivnost koja direktno, mjerljivo i brzo preusmjerava teretni transport sa ceste na SSS, željeznicu, unutarnje plovne putove, ili kombinaciju transportnih modaliteta pri čemu su cestovna putovanja što kraća, pod uvjetom da ona nije katalizatorska aktivnost. To uključuje, gdje je moguće, aktivnosti kod kojih je izmjena modaliteta rezultat razvoja već postojećih usluga.
b) katalizatorske aktivnosti (catalyst actions) se odnose na svaku inovativnu aktivnost s ciljem savladavanja značajnih strukturalnih barijera u teretnom prijevozu u Europskoj zajednici koje opstruiraju efikasno funkcioniranje tržišta, kompetitivnost SSS-a, željeznice, unutarnje plovidbe, i/ili efikasnosti transportnih lanaca koji ove transportne modalitete koriste, uključujući i modifikaciju ili izgradnju sporedne infrastrukture
c) morske autoceste (motorways of the sea action) se odnosi na svaku inovativnu aktivnost koja preusmjerava teretni promet sa ceste na SSS, ili kombinaciju SSS-a s ostalim modalitetima transporta pri čemu se cesta koristi minimalno. Aktivnosti ove vrste mogu uključivati modifikaciju ili izgradnju sporedne infrastrukture neophodne za implementaciju intermodalnih pomorskih transportnih usluga visoke frekvencije i obima. Pri tome se preferira korištenje ekološki prihvatljivih transportnih modela kao što su unutarnja plovidba i željeznica za prijevoz u unutrašnjosti i integrirane usluge od vrata-do vrata.
d) aktivnosti izbjegavanja cestovnog preopterećenja (traffic avoidance action) uključuju inovativne aktivnosti koje integriraju transport u proizvodnu logistiku kako bi se izbjegla velika količina cestovnog transporta, da pri tome nema štetnog utjecaja na proizvodne kapacitete i radnu snagu. Aktivnosti ove vrste mogu uključivati modifikaciju ili izgradnju sporedne infrastrukture i opreme.
e) zajedničke obrazovne aktivnosti(common learning actions) kojima je cilj unapređivanje znanja na području logistike teretnog prijevoza te poticanje međusobne suradnje.
Nadležno tijelo državne uprave za ovaj Program je Ministarstvo mora, prometa i infrastrukture.